As estruturas de missão serão responsáveis pela gestão e execução dos diferentes programas operacionais dos fundos da política de coesão, designadamente os quatro programas operacionais temáticos (Competitividade e Internacionalização, Inclusão Social e Emprego, Capital Humano e Sustentabilidade e Eficiência no Uso de Recursos) e pelos cinco programas operacionais regionais no continente (Norte, Centro, Lisboa, Alentejo e Algarve) que integram o ciclo de programação para o período de 2014-2020.
